阿里云攜手 NVIDIA 發(fā)布云上端到端基因分析解決方案， 助力行業(yè)數(shù)字化轉(zhuǎn)型

  ICC訊 近日，阿里云宣布與 NVIDIA 達成合作，共同打造基因行業(yè)上云“新基建”，實現(xiàn)基于阿里云基因分析平臺的端到端 severless 基因分析和數(shù)據(jù)應(yīng)用開放服務(wù)，以及 NVIDIA Clara Parabricks 的集成和部署，為大型研究型醫(yī)院、生命科學(xué)與醫(yī)學(xué)領(lǐng)域國家實驗室和科研院所、第三方醫(yī)學(xué)檢測實驗室、基因與生物技術(shù)科技公司等企業(yè)提供高性能的、云上一站式基因分析解決方案，加速基因組學(xué)分析的效率和準確性，同時實現(xiàn)基因計算時間和成本的指數(shù)級降低。

  NVIDIA 基于其 GPU 硬件和軟件加速庫與阿里云開展合作，旨在以開放共建的態(tài)度與伙伴共同為各行業(yè)企業(yè)提供全棧式的 AI 加速計算技術(shù)底座。通過本次合作，阿里云基因分析平臺也成為首個正式集成和部署 NVIDIA Clara Parabricks 的國內(nèi)公有云廠商。

  NVIDIA Clara Parabricks 為阿里云基因分析平臺的行業(yè)標準基因組分析工具包以及基因調(diào)用器等工具帶來了 GPU 加速。經(jīng)測試：用戶可以在 30 分鐘內(nèi)完成一個 30x 測序深度的全基因組分析，且與GATK 的最佳實踐結(jié)果 99.99% 一致，而在過去基于 CPU 環(huán)境中這項工作需要 20 多個小時才能完成。此外，使用 NVIDIA Clara Parabricks，計算成本可降低 40%-80%。

  2022 年 11 月，國內(nèi)某基因測序客戶，通過阿里云無限制的計算存儲能力和 NVIDA Clara Parabricks，在短短的一天內(nèi)就完成了 6000 個全基因組的群體變異檢測工作，僅耗時 3 天就完成了在新區(qū)域基因檢測業(yè)務(wù)的應(yīng)用部署，其顯著提升的基因數(shù)據(jù)分析體驗獲得了客戶的認可。

  生物智算新突破，阿里云基因分析平臺打造基因行業(yè)“新基建”

  基因組學(xué)技術(shù)是是未來精準醫(yī)學(xué)的核心之一，基因測序技術(shù)的不斷發(fā)展和臨床應(yīng)用的持續(xù)拓寬，讓基因檢測成為當(dāng)下醫(yī)療新基建風(fēng)口下最為引人關(guān)注的行業(yè)之一，正在蓬勃向上發(fā)展。與此同時，基因數(shù)據(jù)分析 80% 仍然在使用傳統(tǒng)的 HPC 集群，61% 需要完全自建解決方案，行業(yè)整體信息化水平較低。隨著下一代測序(NGS)的速度越來越快、成本越來越低，數(shù)據(jù)洪流正在出現(xiàn)，人們對可訪問、高通量、行業(yè)標準分析的需求日益增長，超大規(guī)模人群隊列研究、快速部署臨檢實驗室等已經(jīng)成為核心的業(yè)務(wù)場景。

  阿里云基因分析平臺是國內(nèi)首個公共云的行業(yè) aPaaS 平臺，產(chǎn)品遵循 GA4GH 行業(yè)標準，提供全托管的 serverless 基因計算引擎和數(shù)據(jù)應(yīng)用開放服務(wù)，以容器化的方式大規(guī)模處理生物醫(yī)學(xué)數(shù)據(jù)，集成 Parabricks 等行業(yè)軟件和開源工具，形成完整的端到端解決方案。

  NVIDIA Clara Parabricks 是由 NVIDIA 開發(fā)、基于 GPU 的基因測序分析加速軟件，提供多種生物信息學(xué)工具和功能，例如序列比對、預(yù)處理和質(zhì)量指標、變體和突變檢測、UMI 以及用于種系、體細胞和 RNA 分析的端到端工作流程?？蔀闇y序中心、臨床團隊、基因組學(xué)研究人員以及新一代測序儀器開發(fā)者提供快速準確的分析，大幅度提升基因組學(xué)分析的速度和準確性。對比傳統(tǒng)計算模式，在GPU 使用 Clara Parabricks 進行基因分析能夠保證一致性的結(jié)果，以及更高效的計算。

  阿里云基因分析平臺和 NVIDIA Clara Parabricks 的融合創(chuàng)新，通過構(gòu)建云上超大規(guī)模的 GPU 彈性擴展、大規(guī)模的并行調(diào)度和異構(gòu)計算、全面的基因分析工具、動態(tài)加載基因加速算法、以及覆蓋全基因組、腫瘤、RNA 等的最佳實踐優(yōu)化配置，實現(xiàn)基因計算的顯著降本增效，為企業(yè)用戶帶來業(yè)界領(lǐng)先的基因數(shù)據(jù)分析體驗。

  與NVIDIA一起，加速AI在醫(yī)療生命科學(xué)的落地

  NVIDIA 正積極推動 AI 在包括醫(yī)療健康、生物科學(xué)等各行各業(yè)的應(yīng)用。

  NVIDIA 提供適用于醫(yī)療健康行業(yè)的智能計算平臺 NVIDIA Clara? ，該平臺可用于醫(yī)學(xué)影像、基因組學(xué)、患者監(jiān)控和藥物研發(fā)，并可部署在嵌入式系統(tǒng)、邊緣等任何地方，助力醫(yī)療健康行業(yè)進行創(chuàng)新并加快實現(xiàn)精準醫(yī)療的目標。

  作為 Clara 平臺的一個明星應(yīng)用，NVIDIA Clara Parabricks 曾創(chuàng)下過在 23 分鐘內(nèi)完成整個人類基因組 DNA 序列分析的速度記錄。包括世界上最大的遺傳學(xué)研究鑒定數(shù)據(jù)庫英國生物樣本庫(UK Biobank)、麻省理工學(xué)院和哈佛大學(xué)旗下的博德研究所(The Broad Institute)等全球醫(yī)學(xué)研究機構(gòu)、制藥公司和生物技術(shù)初創(chuàng)企業(yè)都在采用 NVIDIA Clara Parabricks 來推動其新一代的測序工作。2022 年 GTC ，NVIDIA Clara Parabricks 4.0 版本發(fā)布，對基因組研究人員和生物信息學(xué)家部署和擴展基因組測序分析管道的方式帶來重大的改進。

  強強聯(lián)合 助力生物智算加速

  過去幾年來，阿里云與 NVIDIA 一直在技術(shù)、市場等多個領(lǐng)域保持深入的合作，為高性能計算和深度學(xué)習(xí)領(lǐng)域的企業(yè)提供全面的 GPU 計算支持和服務(wù)。本次阿里云基因分析平臺和 NVIDIA 的融合創(chuàng)新，見證雙方合作的進一步拓展和深入。NVIDIA 期待與阿里云一起，助力基因行業(yè)上云的 “新基建”。

  阿里云基因分析平臺 Clara Parabricks 工具和流程現(xiàn)已上線供安裝。如何通過平臺下載安裝 Parabricks 4.0?

  進入官網(wǎng)首頁(https://cn.aliyun.com/product/ai/genomics)，點擊“免費開通”后登錄。

  依次開通“OSS 服務(wù)”和 RAM 授權(quán)后，創(chuàng)建工作空間。

  開通成功后，點擊“應(yīng)用倉庫”，找到 Parabricks 工具和流程即可安裝和運行，更多操作指導(dǎo)請在阿里云平臺官網(wǎng)了解和咨詢。

  關(guān)于 NVIDIA

  自1993年成立以來，NVIDIA (NASDAQ: NVDA) 一直是加速計算領(lǐng)域的先驅(qū)。NVIDIA 1999年發(fā)明的GPU驅(qū)動了PC游戲市場的增長，并重新定義了現(xiàn)代計算機圖形，開啟了現(xiàn)代AI時代，推動了元宇宙的創(chuàng)建。NVIDIA現(xiàn)在是一家全棧計算公司，其數(shù)據(jù)中心規(guī)模的產(chǎn)品正在重塑整個行業(yè)。更多信息，請訪問 https://nvidianews.nvidia.com/。